Con base en la estructura organizacional y las funciones de cada área, se adopta como estructura organizacional básica el organigrama vigente data del 2004, año en el que se suscribió el programa de reorganización y rediseño de la red pública de hospitales el cual se formalizó mediante la suscripción del convenio 0386 de diciembre de 2004 entre el Ministerio de Hacienda, Ministerio de la Protección, Gobernación de Boyacá y la ESE Hospital Regional de Duitama.